Ce manga raconte l'histoire les aventures de Yugi, un jeune lycéen passionné de jeux qui devient le Yu-Gi-Oh (le roi du jeu) grâce à la découverte d'un puzzle millénaire.
Yugi est un garçon timide et chétif, plus petit que ses condisciples. C'est pourquoi ses camarades plus âgés le tourmentent volontiers. Mais, parce qu'il possède un grand cœur, il leur pardonne toujours. Un jour, à force de persévérance, il parvient à composer le puzzle millénaire que lui a offert son grand-père. Dès lors, il utilisera les pouvoirs magiques que lui procure l'objet, pour punir tous ceux qui se rendent coupables de méchancetés envers ses amis. On ignore ce qu'est réellement ce puzzle millénaire. On sait toutefois qu'il provient d'Egypte et qu'il a un jour abouti dans la boutique de jeux dont le grand père de Yugi est propriétaire. On sait aussi que les joueurs qui affrontent le Yu-Gi-Oh et qui perdent, reçoivent la punition des dieux !
Les jeux auxquels participe le " Roi du Jeu " deviennent de plus en plus intéressants. Les adversaires qui le défieront s'avéreront aussi rusés qu'obstinés et les divers jeux ne manqueront pas d'évoquer le célèbre : " Magic, l'assemblée " ou encore " les Pockets Monster ".